ADN ambiental: qué es y qué secretos revela de los animales

Hacía más de 140 años que no se encontraba una sirena del Río Grande (una salamandra escurridiza de dos patas y un pie de largo protegida por el estado de Texas) cerca de Eagle Pass, una ciudad en la frontera entre Estados Unidos y México. Pero en 2019, la bióloga Krista Ruppert, ahora estudiante de doctorado en la Universidad Estatal de Mississippi (Estados Unidos), se dio cuenta de que no necesitaba tener una sirena en la mano para demostrar que todavía estaban allí.

Solo necesitaba una jarra de agua turbia para filtrar.

¿Qué es el ADN ambiental?

En Eagle Pass, Ruppert encontró suficiente ADN ambiental (material genético que queda cuando los organismos se arrastran, nadan o aletean a lo largo de su vida) para establecer que los escurridizos anfibios aún viven en la zona, en el extremo occidental de su área de distribución conocida.

En la última década, el ADN ambiental, o ADNa, ha revolucionado la investigación marina y acuática al permitir a los científicos tomar muestras de "todo un ecosistema" con un litro de agua. Ahora, tras una avalancha de experimentos en tierra firme en los últimos años, el ADNa se ha convertido en la llave maestra de los biólogos. 

Es una técnica relativamente barata, no invasiva y sencilla que puede modificarse para estudiar cualquier forma de vida, y a menudo requiere menos tiempo y trabajo que los métodos anteriores.

He aquí una muestra de los lugares más sorprendentes en los que los científicos han encontrado ADN oculto (desde playas hasta vientres de escarabajos o el viento) y lo que estos descubrimientos nos enseñan.

¿Qué revelaron las muestras de ADN ambiental en flores?

En 2017, investigadores de la Universidad de Aarhus, en Dinamarca, se arriesgaron: arrancaron un ramo de flores silvestres de dos campos daneses y lo insertaron en un baño químico para extraer el ADN de su superficie.

"En realidad, no estábamos seguros de que esto fuera a funcionar", explica Eva Egelyng Sigsgaard, profesora adjunta de biología.

Para su sorpresa, una sola flor de apio silvestre contenía ADN de 25 especies de insectos, arañas y otros artrópodos. En 56 flores, detectaron ADN ambiental de al menos 135 especies con una enorme diversidad, desde una gran cantidad de polinizadores como polillas y abejas hasta escarabajos depredadores.

"Lo impresionante es que tenemos especies que tienen un período de interacción muy corto (como los segundos que tarda una mariposa en sorber el néctar antes de huir) hasta especies que completan todo su ciclo vital en la flor", como los pulgones, detalla Philip Francis Thomsen, otro profesor asociado de biología de la Universidad de Aarhus que ha investigado el ADN ambiental durante más de una década.

Las muestras de ADN ambiental tomadas de las flores podrían proporcionar una información muy necesaria sobre los polinizadores más activos de una región o especie vegetal. Por ejemplo, los científicos creen que las contribuciones de las polillas y las moscas están dramáticamente subestimadas y podrían ser un objetivo importante para los esfuerzos de conservación.

ADN ambiental: qué patógenos se descubrieron en la arena 

De vuelta a Estados Unidos, las playas de arena blanca de Florida están cubiertas de ADN ambiental, y no sólo de turistas. Un equipo de científicos de la Universidad de Florida ha recuperado material genético de las huellas de las aletas dejadas por las crías de tortuga boba en su camino desde el nido hasta el mar. 

El análisis posterior de las muestras de arena demostró que el ADN ambiental puede ayudar a los investigadores a controlar no solo las especies, sino también la propagación de enfermedades.

Las diminutas huellas también contenían ADN ambiental del ChHV5, un virus que provoca los debilitantes crecimientos cancerosos de la fibropapilomatosis en tortugas jóvenes de muchas especies. El descubrimiento pone en duda la teoría predominante de que la enfermedad se transmite horizontalmente, ya sea a través de la columna de agua o por contacto directo entre tortugas jóvenes.

"Detectar el virus en una cría recién salida del cascarón abre un interrogante realmente grande sobre si la transmisión vertical de la madre a la cría también está en juego", sostiene Jessica Farrell, recién graduada en el doctorado de la Universidad de Florida y primera autora del estudio.

Eso "tendría un efecto realmente grande en términos de cómo tratar de mitigar esta enfermedad en el futuro", agrega.

ADN ambiental en el aire

En el momento álgido de los confinamientos de 2020, Christina Lynggaard, quien entonces era postdoctoral en la Universidad de Copenhague (Dinamarca), utilizó varios aspiradores para aspirar aire en el zoo de Copenhague. Ella y su asesora, Kristine Bohmann, profesora asociada de ecología molecular, no esperaban gran cosa: tal vez recogiera ADN de un okapi (pariente más próximo a la jirafa) si se paraba en el establo de la especie, pensó.

Pero los resultados superaron sus sueños más descabellados. Al filtrar el aire en varios lugares del zoo, Lynggaard detectó 49 especies de animales, algunos alojados hasta a cientos de metros de distancia: aves, reptiles, mamíferos e incluso peces que servían de alimento para especies depredadoras.

"Se nos puso la piel de gallina, se nos saltaron las lágrimas", recuerda Bohmann. "Lynggaard ha demostrado algo que puede cambiar todo el campo de la observación de los vertebrados terrestres”.

Sin que Lynggaard lo supiera, un estudio casi idéntico se realizaba simultáneamente en un zoológico del Reino Unido. Sus resultados coincidieron con los del equipo danés, ya que encontraron 25 especies, entre las que se encontraba un erizo euroasiático salvaje que los cuidadores veían habitualmente deambulando por las instalaciones del zoo. 

Los dos descubrimientos marcaron un hito en la historia del ADN ambiental, pero lo que se perdió fue casi tan fascinante como lo que se encontró. Algunas especies nunca se detectaron, y el tamaño del cuerpo de un animal y el número de individuos no siempre parecían influir en la fuerza de las muestras.

"Cuando paseaba por el zoo, tenía la idea de que si podía oler un animal, probablemente sería capaz de detectarlo", cuenta Beth Clare, profesora adjunta de biología en la Universidad de York (Canadá) y líder del estudio con sede en el Reino Unido. 

"Pensé que, si estoy oliendo lo que sea (hormonas, o feromonas, o el olor que desprenden), seguro debe haber ADN transportado en esas gotas". Pero el ADN ambiental del residente más apestoso del zoo, un lobo de crin, eludió sus filtros. 

Ahora, ambos equipos trabajan para perfeccionar sus técnicas. Clare y sus colegas desplegaron cuatro rondas de prototipos en entornos naturales desde Ontario hasta los trópicos, dice, y experimentan con la recogida pasiva (es decir, filtros sin aspiradora) de ADNa del polvo.

"Nuestro hallazgo más interesante es que el material no se acumula al azar", asegura. "Cuando los animales están activos, se detectan, y cuando entran en reposo también lo hace la señal".  

Estos nuevos descubrimientos, que se encuentran en fase de revisión para su publicación, suponen un gran alivio para Clare y una señal auspiciosa para el futuro del ADN ambiental en el aire.

"Una de las primeras preocupaciones era que no hubiera ninguna señal real, el riesgo de que todo estuviera en todas partes", explica. "Se sugirió que el viento simplemente movería el ADN por todas partes convirtiéndolo en una sopa homogénea. Nuestros datos sugieren lo contrario".

ADN ambiental: pruebas en el océano

La dinámica de la población del tiburón ballena, un enigmático gigante que prefiere las aguas profundas del océano abierto y no necesita salir a la superficie para tomar aire, sigue siendo una especie de misterio para los científicos.

Para saber cómo se relacionan las distintas poblaciones de este animal en peligro de extinción, los científicos suelen utilizar lanzas de mano para realizarles biopsias.

"Es como un pequeño cilindro que se obtiene (básicamente una sección transversal de la piel y del tejido graso) del tamaño de "la punta de tu dedo meñique", precisa Laurence Dugal, candidata a doctora en la Universidad de Australia Occidental.

Pero una nueva investigación publicada en 2021 descubrió otra forma de acceder a los genes del tiburón ballena: acercarse a la criatura y destapar una botella de plástico reutilizable.

Al recoger muestras de ADN ambiental a pocos metros detrás de los tiburones ballena, Dugal y su equipo obtuvieron muestras lo suficientemente claras como para determinar los haplotipos de los tiburones individuales, marcadores genéticos que proporcionan información sobre dónde vivieron sus ancestros y su parentesco con otras poblaciones. Estos coincidían perfectamente con las biopsias tradicionales tomadas a los mismos individuos.

"Me pareció sorprendente que fuéramos capaces de detectar una señal tan dominante de ellos en todo el agua", explica.

ADN ambiental: estos son los Informantes invertebrados 

Pero el ADN no siempre se deja atrás: algunos bichos recogen de forma natural material genético de los organismos con los que interactúan a lo largo de su vida.

Un subcampo floreciente del ADNa es el ADNi, o ADN adquirido por invertebrados, en el que los "muestreadores naturales" proporcionan un práctico atajo a los científicos.

Los primeros estudios sobre esponjas marinas revelaron que crean depósitos accidentales de ADN ambiental cuando se alimentan por filtración, mientras que las sanguijuelas contienen un registro genético de sus anteriores comidas de sangre que puede durar hasta cuatro meses. Los investigadores también recuperaron ADN a nivel de especie de las tripas de los escarabajos peloteros que se alimentaron de las heces de otros animales, incluyendo material de cerdos barbudos y ciervos sambar.

El ADN ambiental en el reino vegetal

Investigadores de la Universidad de Tréveris y del Instituto Max Plank (Alemania) acercaron su investigación sobre el ADN ambiental a sus hogares, tal vez de forma un tanto incómoda. En junio, el equipo informó del hallazgo de ADN ambiental de 1279 especies distintas de insectos, arañas y otros artrópodos en tés y especias comprados en tiendas de comestibles alemanas.

El té verde se llevó el primer premio (o el último, según se mire) con una media de 449 especies en cada muestra y, por extensión, en cada taza de té. Las muestras de perejil y manzanilla, menta y té verde contenían ADNa de una media de 200 especies.

El hallazgo de que el ADNa se conserva bien en la materia vegetal seca almacenada a temperatura ambiente desvela un potencial tesoro de nuevos datos, dicen los autores. Los especímenes botánicos históricos recogidos en todo el mundo durante siglos podrían contener información aún no examinada sobre las especies que los rodearon en vida. 

No es una solución definitiva

Pero la nueva disciplina no está exenta de inconvenientes: Incluso los mayores defensores del ADNa dicen que es un complemento, no un sustituto, de las técnicas tradicionales de muestreo sobre el terreno. 

Hasta ahora, el ADNa no puede revelar la edad, el sexo o la condición corporal de un organismo y, aunque se ha avanzado recientemente, es difícil saber cuántos individuos hay detrás de la lectura de ADNa de una especie. Se necesitarán cámaras trampa y la antigua observación en persona durante muchos años. Y aunque la recogida de muestras puede ser de baja tecnología, la contaminación es una amenaza tanto en el laboratorio como en el campo. 

Aun así, es difícil exagerar la sensación de asombro que sienten los científicos ante el poder de la técnica. 

"Si alguna vez has estado en una selva tropical y has visto todo el espectáculo que brinda la naturaleza, sabes que allí existe vida en abundancia. Luego, llegas allí y apenas ves nada. Tienes que quedarte muy quieto y, si tienes suerte, oyes algo que salta", indica Bohmann, quien concluye: "Pero con el ADNa obtienes esta instantánea de lo que hay ahí fuera: todo este mundo de diversidad se abre ante ti".